Erste Haftstrafe
Zur Bestürzung der kommunistischen Behörden setzte die Organisation nach Beendigung des Krieges ihre Tätigkeit mit neuem Enthusiasmus fort. Zuerst erhielten junge muslimische Aktivisten diskrete Warnungen, aber als sie diese ignorierten, wurde der Befehl gegeben, sie zu verhaften, so dass Alija Izetbegović seinen ersten Aufenthalt im Gefängnis verbrachte. Da er zu dieser Zeit seinen Militärdienst in der Bundesrepublik Jugoslawien ableistete, verurteilte ihn das Militärgericht zu einer dreijährigen strengen Haftstrafe, die er im März 1946 begann und 1949 beendete.
Während der Ermittlungen wurde Izetbegović im Militärgefängnis der Marschall-Tito-Kaserne in Sarajevo in einer Zelle festgehalten, in der die Hälfte der Häftlinge zum Tode verurteilt wurde. Die Stimmung unter ihnen war düster, da sie auf eine endgültige Entscheidung über ihre Berufung gegen das Todesurteil warteten. Die dreijährige Haftstrafe von Izetbegović wurde unter den damaligen Umständen, als einige politische Gefangene zum Tode oder zu langen Haftstrafen verurteilt wurden, als ziemlich milde empfunden. Dennoch musste er, so unschuldig er auch an irgendeinem Verbrechen war, tausend lange Tage und Nächte hinter Gittern verbringen. Er wurde zunächst nach Zenica geschickt, um seine Zeit zu verbüßen, aber nach nur zwei Monaten wurde er nach Stolac verlegt, wo er sieben Monate verbrachte, bevor er erneut verlegt wurde, diesmal zu „Strafarbeit“ auf einer Baustelle in der Nähe des Boračko Sees. Wie es das Schicksal so wollte, fand sich hier Izetbegović bei der Arbeit an dem Gebäude wieder, das ein Erholungszentrum für die UDB (Staatssicherheitsbehörde – die jugoslawische Geheimpolizei) werden sollte, wo „sein udbaši“, die Leute, die ihn verhört hatten, später eine Pause vom Dienst genießen sollten.
Nach dem Boračko Aufenthalt wurde Alija nach Sarajevo verlegt, wo das Schicksal ironischerweise zeigte, dass es mit ihm noch nicht am Ende war. Hier sollten er und andere Gefangene das Hauptquartier des Zentralkomitees der Kommunistischen Partei bauen. Vielleicht bestand die ganze Vorstellung darin, dass die politischen Gegner des Kommunismus seine Tempel bauen sollten.
Die Isolation des Gefängnisses wurde für den jungen Izetbegović durch die liebevollen Briefe erleichtert, die er mit Halida austauschte, einem Mädchen, das er seit seinem achtzehnten Lebensjahr kannte und mit dem er während des Krieges ausgegangen war. Als er ins Gefängnis kam, blieben sie durch Briefe in Kontakt, in denen sie ihre Gefühle schilderten und ihren Respekt und ihre Liebe füreinander zum Ausdruck brachten, was durch die Trennung nur noch verstärkt und vertieft wurde.
Alija wurde für das dritte und letzte Jahr seiner Haftstrafe an die ungarische Grenze geschickt, um auf dem landwirtschaftlichen Gutshof Belje in der Nähe von Beli Manastir (Beli Kloster) zu arbeiten. Dort wurde er zum Bäumefällen geschickt, wo er zum Fachmann wurde. Viele Jahre später pflegte Izetbegović selbst zu sagen, dass er, wenn er jemals auf Handarbeit zurückgreifen müsse, um seine Brotkruste zu verdienen, sich für den Beruf des Holzfällers entscheiden würde: „Von all der Handarbeit, die ich geleistet habe – und ich habe schon viel geleistet – ist das diejenige, die ihm am meisten zusagt“, sagte er.
Den Winter 1948-1949 verbrachte er damit, Brennholz mit einer Handsäge zu schneiden. Diese körperliche Aktivität, kombiniert mit ausreichend Nahrung, ermöglichte es ihm, sich bis zum Ende des dritten Jahres seiner Haftstrafe vollständig zu erholen. Er war 24 Jahre alt, als er aus dem Gefängnis kam, und sah sehr gut aus. Seine Familie weinte vor Freude, als sie sahen, wie stark, gesund und geistig fit er war. Kaum hatte er das Gefängnis verlassen, heiratete Alija, wie erwartet, Halida. Er war stolz auf ihre Schönheit, da er sie für körperlich weitaus attraktiver hielt als ihn selbst, obwohl viele Frauen ihn attraktiv fanden, mit seinen leuchtend blauen Augen und, trotz seiner Jugend, der Aura des Gefängnis-Martyriums um ihn herum, die ihm den Respekt und die Zuneigung der Menschen um ihn herum einbrachte.
So wie es für ihn selbstverständlich war, Halida zu heiraten, so erwarteten diejenigen, die ihn am besten kannten, dass er seine politischen Aktivitäten fortsetzen würde. Izetbegović bekräftigte seine Verbindung zu den jungen Muslimen im Hintergrund über Hasan Biber. Genau vierzig Tage nach ihrer Kontaktaufnahme, am 11. April 1949, wurde Biber verhaftet. Während seines Verhörs stand er unter ständigem Druck, Alijas erneute Verbindung zu den jungen Muslimen zu enthüllen, aber er gab nicht nach. Die anderen Mitglieder der Organisation wussten immer noch nichts von den Aktivitäten von Izetbegović, so dass er dank Biber in Freiheit blieb, obwohl er nur wenig Zeit hatte, seine Freiheit zu genießen, da er sich immer noch nicht vollständig von seiner dreijährigen Haftzeit erholt hatte. Bei seinem Prozess im Juli erhielt Biber das Todesurteil, das die eifrigen Kommunisten im Oktober vollstreckten.
Dieser Prozess führte zu weitverbreiteten Verhaftungen in ganz Bosnien und Herzegowina, und es begannen Razzien gegen die Organisation der jungen Muslime in Mostar, bei denen Akten und Sitzungsprotokolle beschlagnahmt wurden. Es folgte eine gleichzeitige Aktion in Zagreb, wo die Behörden eine große Gruppe von Studenten verhafteten, die alle im August 1949 in einem Prozess in Sarajevo ihren Höhepunkt fanden. Einige der Verhafteten standen bereits zum zweiten Mal vor Gericht und wurden verurteilt und ins Gefängnis gebracht. Wenn man alle Gefängnisstrafen in allen politischen Prozessen gegen die jungen Muslime zusammenzählt, ergibt das insgesamt eine Haftstrafe von tausend Jahren. Die Organisation wurde ausgelöscht, alle ihre führenden Persönlichkeiten ins Gefängnis geworfen oder hingerichtet.
Es gab zwar immer noch einige, die die Idee der jungen Muslime innerlich weiter pflegten, und es gab häufige geheime Treffen, auf denen sie zur Debatte stand, aber die organisierten Operationen, die in konkrete politische Aktionen hätten münden können, waren zu Ende.
Währenddessen studierte Alija Izetbegović die jugoslawische Gesellschaft, die, so wurde behauptet, auf sozialer Gleichheit und einem verfeinerten Gerechtigkeitssinn beruhte. Seiner Ansicht nach hatte es jedoch mehr mit Heuchelei zu tun, mit dem Hunger der einfachen Leute, die hungern mussten, weil führende Kommunisten ihre Vorräte aus geheimen Verstecken bezogen. Die Massen aßen Kartoffeln und Reis, während die Privilegierten und die ideologisch „richtigen“ Menschen im Schoß des Luxus lebten: Sie hatten alles, von Milch bis Schokolade. Doch jede offene Diskussion über Privilegien wurde als verfassungs- und staatsfeindlich behandelt.
Izetbegović verbrachte die nächsten zehn Jahre auf Baustellen, hauptsächlich in Montenegro, wo er sieben Jahre lang den Bau des Wasserkraftwerks Perućica in der Nähe von Nikšić beaufsichtigte. Er versuchte, seine Freizeit damit zu verbringen, seine formale Ausbildung zu erweitern, indem er zunächst Agrarwissenschaft studierte, bevor er im dritten Jahr zur Rechtswissenschaft wechselte. Innerhalb von zwei Jahren schloss er sein Studium ab. Das war 1956.