DER AUSBRUCH DES KRIEGES
Am 2. Mai war Izetbegović zusammen mit seiner Tochter Sabina, Dr. Zlatko Lagumdžija (damals stellvertretender Premierminister von Bosnien und Herzegowina) und Nurudin Imamović, seinem persönlichen Leibwächter, auf dem Rückweg von den Lissabon-Gesprächen, als er von der JNA am Flughafen von Sarajevo gefangen genommen wurde. Nach einer schlaflosen Nacht und dramatischen Verhandlungen wurde vereinbart, dass UNPROFOR sie in die belagerte Stadt eskortieren würde. Dies war erst der Beginn des vierjährigen Krieges mit Alija Izetbegović in seinem Mittelpunkt. Er selbst sagte, dass es „eine weit verbreitete Angst vor den Tschetniks“ gebe und dass der „psychologische Rahmen“ abgebaut worden sei. Und so war es auch: Sobald der Kampf begann, verflüchtigte sich die Angst, um durch Widerstand ersetzt zu werden. Während die Kämpfe weitergingen, stieg der Blutpreis immer weiter an. Izetbegović fragte sich oft, ob der Konflikt irgendwie hätte verhindert werden können. Seine eigene Frage beantwortete er in einem seiner Tagebucheinträge: „Bis sich Slowenien und Kroatien abspalteten, ja, es konnte; danach nein. Oder besser gesagt, er hätte es tun können, aber nur auf Kosten der Kapitulation. Und Sklaverei ist die denkbar schlechteste Lösung, schlimmer als Krieg.“ Er sollte immer wieder wiederholen, dass die Freiheit das oberste Ziel im Leben sei.
Trotz der offenen Kämpfe in ganz Bosnien und Herzegowina erklärte die Präsidentschaft erst am 20. Juni 1992 den Kriegszustand. Darauf folgte ihr Manifest, in dem sie zur „aktiven Beteiligung an der patriotischen Front im Kampf gegen die Aggression“ aufrief. Es wurde eine Kriegsregierung unter der Leitung von Jure Pelivan eingesetzt, die mit den existentiellen Fragen eines angegriffenen Landes betraut wurde. Dr. Haris Silajdžić wurde zum Außenminister ernannt, und die anderen Mitglieder der Regierung waren Jusuf Pušina, Jerko Doko, Ranko Nikolić, Žarko Primorac, Rusmir Mahmutćehajić, Alija Delimustafić, Radovan Mirković, Hasan Muratović, Tomislav Krstičević, Uglješa Uzelac, Munir Jahić, Mustafa Beganović, Nikola Kovač, Martin Raguž und Miljenko Brkić.